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广州市微生物研究所业务覆盖材料、化学、环保、食品等多个领域，针对企业在产品研发、质量控制中遇到的问题，提供成分分析、产品开发、产品检测、仪器测试等综合解决方案。
工业废水是造成水体污染的主要污染源，需经适当处理后，才能排入水体或城市管网。
工业废水种类：（1）含悬浮物、含油工业污水（2）含无机污染物工业污水（3）含**污染物工业污水（4）冷却水
水质监测是监视和测定水体中污染物的种类、各类污染物的浓度及变化趋势，评价水质状况的过程。水质监测的主要监测项目可分为两大类:一类是反映水质状况的综合指标，如温度、色度、浊度、pH值、电导率、悬浮物、溶解氧、化学需氧量和生物需氧量等;另一类是一些有毒物质，如酚、氰、、铅、铬、镉、汞和**农药等。为客观的评价江河和海洋水质的状况，除上述监测项目外，有时需进行流速和的测定。
2011年，全国地表水总体为轻度污染，湖泊(水库)富营养化问题仍然较**，长江、黄河、珠江、松花江、淮河、海河、辽河、浙闽片河流、西南诸河和内陆诸河水系监测的469个国控断面中，Ⅰ~Ⅲ类、Ⅳ~Ⅴ类和劣Ⅴ类水质断面比例分别为61.0%、25.3%和13.7%，主要污染指标为化学需氧量、五日生化需氧量和总磷，其中又以海河、淮河、松花江和辽河等地表水污染较其他水系污染严重。同时，在2011年监测的26个国控重点湖泊(水库)中，Ⅰ~Ⅲ类、Ⅳ~Ⅴ类和劣Ⅴ类水质的湖泊(水库)比例分别为42.3%、50.0%和7.7%，主要污染指标为总磷和化学需氧量。
广州市微生物研究所三十多年来承担各类科研项目120多项，先后有30多个科研项目获得省、部和市级的奖励。广州工业微生物检测中心，机构设置在广州市微生物研究所内，主要从事工业产品的微生物检测工作，具有国家实验室认可(CNAL)和计量认证(CMA)二合一认证。
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